Drupalにセキュリティ上の問題や動作に関する問題など、何らかの問題が発見された場合には、Drupalがアップデートされます。
これはアップデート、アップグレードなどと呼ばれ、バージョン番号の最初の数字(例えばバージョン5なら「5」)は変わらず、小数点以下の数字が大きくなります。たとえば、バージョン5.7、5.8、5.9のように数字が上がります。

これに対して、バージョンアップは新しい機能が追加されたり、機能の変更、システムの動作の変更などが加えられた物で、新しいバージョンは先頭のバージョン番号が変わります。たとえばバージョン6はバージョン5の機能に各種の変更や追加が加えられています。
新しいバージョンは一般的に、古いバージョンよりも高性能で機能も充実していますが、対応モジュールが少ない、従来のサイトのデータをそのまま使うことができないことがある、などの問題もあります。

バージョンアップをするかどうかは利用者の判断によりますが、アップデートの場合はセキュリティ上の問題や動作のトラブるなどが修正されていますので、これらの修正が含まれたアップデートが公開された場合は、できるだけ最新版にアップデートすることをおすすめします。

Drupalのバージョンの見分け方
Drupalのバージョンは、コアモジュールのバージョンと同じです。モジュール管理のページ(admin/build/modules)の「コア」グループのバージョンをご覧ください。

Drupalをアップデートする手順を以下に説明します。

1. 最新版をダウンロード
　Drupalの最新版をダウンロードします。このとき、バージョン番号の先頭の数字が同じものをダウンロードしてください。

2. アーカイブを展開
　tar形式のアーカイブを展開します。
　アーカイブファイルが展開できない場合は、「Lhaca」(http://park8.wakwak.com/~app/Lhaca/)などのソフトウェアが必要になります。

3. 不要なファイル、フォルダの削除
　展開すると、drupal-5.9などの名前のフォルダができます。この中にある不要なファイルやフォルダを削除します。
　具体的には、次のファイル、フォルダを削除してください。

　.htaccess (ファイル)
　sites (フォルダ)

4. フォルダの内容を転送
　不要なファイル、フォルダを削除した後、Drupalのフォルダの内容をJCA-NET上のDrupalのフォルダに転送します。
　たとえば手元のフォルダがdrupal-5.7で、JCA-NET上のDrupalのフォルダがpublic_html/drupal5である場合、FTPソフトでdrupal-5.7のすべてのファイルを選択し、public_html/drupal5のディレクトリに転送します。
　FTPソフトが「上書きするかどうか」という質問を表示した場合は「はい」または「上書きする」で答え、古いファイルを新しいファイルで置き換えます。

5. update.phpを実行
　Drupalに管理ユーザーとしてログインし、update.phpを実行します。
　Drupalをインストールしたディレクトリがdrupal5なら、次のURLでupdate.phpを実行できます。
　http://www.jca.apc.org/~自分のID/drupal5/update.php

モジュール管理のページ(admin/build/modules)の「コア」グループのバージョンが最新版のものになっていることを確認してください。