2008年9月9日午前10:57分より、午後12時2分まで、電子メール送受信用サーバが停止していました。
この間、Webメールを除き、ユーザーからの電子メールの送信と受信ができませんでした。
システムを再起動し、現在は正常に電子メールの送受信ができるようになっています。

2008年8月16日午前8時頃からの電気点検にあわせ、システムの調整を行っています。
調整の終了が遅れ、午後12時20分頃まで、JCA-NETの電子メール、FTPなどへの接続ができなくなっていました。

2008年7月29日14時38分頃から14時52分頃まで、電源工事の事故によりシステム全体の電源が落ち、システム全体が停止していました。
また、一部のサービスについてはサービス復旧までにしばらく時間がかかったものもあります。
19時現在、システムは正常に稼動しています。

2008年7月20日午前4時5分頃から約40分間、ユーザー認証システムの障害により、メール、FTPなどのユーザー認証ができない状態になっていました。

2008年7月7日午後5時30分頃より午後5時45分頃まで、JCA-NETのメインサーバ(ウェブサイトはwww.jca.apc.org)の反応が極度に低下していました。
高負荷の原因となっていた事象は、会員Webサイトに設置されたCGIのコメント機能、トラックバック機能に対し、大量のスパム性投稿が集中したことでした。

2008年5月18日、14時40分頃から55分頃まで、電子メール送受信のためのサーバが停止していました。
サーバのシステム的な不具合によるもので、マシンを再起動することで復旧しました。

2008年5月26日16時10分頃から数分間、機器のメンテナンスのためJCA-NETのすべてのサービスが一時不通になりました。
なお、このメンテナンスは、JCA-NETの一部のサーバへの接続が不安定になる問題を解決するためのものでした。

2008年5月14日から17日の14時頃まで、一部のJCA-NETユーザがFTPでホームディレクトリにログインできないという障害が続いていました。

2008年5月9日午後21時頃から、JCA-NETの認証に時間がかかっていました。

2008年5月4日20時頃、Webパブリッシングサーバ(ソンニムによる更新)上のあるサイトのindex.htmlが不正に書き換えられる障害が発生しました。